НЖ2.1-08-08-03 Протеомная карта плазмы крови и тканей человека при опухолевых заболеваниях

Постановка задачи

Идентификация белков, образуемых в результате мутаций и альтернативного сплайсинга при раке лёгкого, толстой кишки, печени, молочной железы и обнаруживаемых как в опухолевых очагах, так и в плазме крови.

Проведение панорамного транскриптомного (NGS) и протеомного (LC-MS) профилирования опухолевых образцов и плазмы крови, взятых у одних и тех же пациентов, позволит учесть меж-опухолевую гетерогенность и найти спектр белковых вариантов, появление или возрастание экспрессии которых характерно для опухолей изучаемых типов.

Бюджет: 54 млн. руб. на срок 2014-2016 гг. (бюджетное финансирование). Иностранный партнёр должен внести, как минимум, равный финансовый вклад в выполнение проекта.

Потенциальный иностранный партнер – [Yonsei Proteome Research Center](http://www.proteomix.org/), Seoul, Korea

Ожидаемый эффект

Будут разработаны экспериментальные образцы диагностических и скрининговых тест-систем на основе широкой панели биомаркеров, охватывающих различные пути молекулярного патогенеза опухолей исследуемых типов.

Будет создан веб-ресурс «Протеомная карта», включающий в себя: информацию о рако-специфичных протеоформах, их экспрессии, нарушениях клеточных путей и транскрипционных программ. «Протеомная карта» может стать одним из основных ресурсов, используемых научным сообществом в области протеомики рака и создании тест-систем.

В ходе выполнения проекта планируется публикация не менее 8 научных работ и оформление 2 патентов.

Потребителями результатов настоящего проекта могут стать различные клинические и научные организации:

- [ООО «Научно-производственная фирма ЛИТЕХ»](http://www.lytech.ru/), основное направление деятельности – лабораторная диагностика, в т.ч. оказание диагностических услуг медицинским учреждениям.; разработка новых средств лабораторной диагностики; внедрение новых методов в лабораторной диагностики.

- [ООО «Постгеномные и нанотехнологические инновации», ПИННИ](http://www.pynny.ru/), основное направление деятельности – разработка и внедрение новых технологий в области медицинской генетической диагностики и молекулярной биологии; в т.ч. анализ ДНК, протеомика, масс-спектрометрия.

- [Компания «Интерлаб»](http://www.interlab.ru/), являющаяся российским представительством компании AgilentTechnologies. Основное направление деятельности – разработка и поставка аналитического медицинского и лабораторного оборудования.

- [ООО «ПостгенТех»])http://postgentech.ru/), основное направление деятельности – проведение масс-спектрометрических и других протеомных исследований.

- [ООО «БиоФармЭксперт»](http://biopharmexpert.ru/), основное направление деятельности – оснащение научно-исследовательских лабораторий, поставка оборудования, материалов; производство масс-спектрометрических тест-систем и предоставление услуг по проведению масс-спектрометрических измерений.

А также зарубежные компании, сотрудничающие с российскими исследователями:

- [Somalogic](http://www.somalogic.com/), основное направление деятельности – применение аптамеров для разработки и коммерциализации новых диагностических тест-систем, терапевтических средств;

- [BiognosisAG](http://www.biognosys.ch/), основное направление деятельности – применение таргетной протеомики для исследований в рамках концепции персонализированной медицины; разработка и коммерциализация новых диагностических и скрининговых тест-систем.

Публикации

- Nagaraj N, et al (2011) [Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3261714/) // Mol Syst Biol -- **IF = 11.34**

- Indovina P, et al (2013) [Mass spectrometry-based proteomics: the road to lung cancer biomarker discovery](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22829143) **Review** // Mass Spectrom Rev -- **IF = 7.73**

- Vogelstein B, et al (2013) [Cancer genome landscapes](http://www.sciencemag.org/content/339/6127/1546.full) // Science -- **IF = 31.03**

- Beltran H, et al (2013) [Targeted next-generation sequencing of advanced prostate cancer identifies potential therapeutic targets and disease heterogeneity]( http://libgen.org/scimag/?s=10.1016%2Fj.eururo.2012.08.053&siteid=&v=&i=&p=&redirect=1) // Eur Urol -- **IF = 10.48**

- Tan TZ, et al (2013) [Functional genomics identifies five distinct molecular subtypes with clinical relevance and pathways for growth control in epithelial ovarian cancer]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3721473/) // EMBO Mol Med -- **IF = 7.8**

Средний импакт-фактор 13.7

Кто может участвовать в конкурсе?

**1) Институт биохимической медицины им. В.Н. Ореховича РАМН (ИБМХ РАМН)** *(Арчаков А.И., академик РАМН, проф.)*

- Ponomarenko EA et al. (2014). [Chromosome 18 transcriptoproteome of liver tissue and HepG2 cells and targeted proteome mapping in depleted plasma: update 2013](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24328317). // J Proteome Res -- **IF = 5.05**

- Lisitsa A et al. (2014). Moshkovskii S, Chernobrovkin A, Ponomarenko E, Archakov A. [Profiling proteoforms: promising follow-up of proteomics for biomarker discovery](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24437377). **Review** // Expert Rev Proteomics -- **IF = 3.9**

- Archakov A et al. (2011). [Gene-centric view on the human proteome project: the example of the Russian roadmap for chromosome 18](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21563312). Proteomics -- **IF = 4.13**

- Kopylov AT et al. (2013). Combined use of irreversible binding and MRM technology for low- and ultralow copy-number protein detection and quantitation](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23281252) // Proteomics -- **IF = 4.13**

- Shargunov AV et al. (2014). [Tissue-specific alternative splicing analysis reveals the diversity of chromosome 18 transcriptome]( http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/pr400808u) // J Proteome Res -- **IF = 5.06**

Средний импакт по выборке 4.45

**2) Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина РАМН (РОНЦ РАМН)** *(Давыдов М.И., академик РАМН, проф.)*

- Aushev VN et al. [Comparisons of microRNA patterns in plasma before and after tumor removal reveal new biomarkers of lung squamous cell carcinoma]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24130905). // PLoS One -- **IF = 3.73**

- Scherbakov AM et al. (2013) [Snail/beta-catenin signaling protects breast cancer cells from hypoxia attack]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23973669) // Exp Cell Res -- **IF = 3.56**

- Khromova N et al. (2012) [Downregulation of VEGF-C expression in lung and colon cancer cells decelerates tumor growth and inhibits metastasis via multiple mechanisms] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21804602). // Oncogene -- **IF = 7.3**

Средний импакт по выборке 4.87

**3) Научно-исследовательский институт онкологии им Н.Н. Петрова Минздрава России ** *(Беляев А.М., д.м.н.)*

- Yanus GA et al (2013) [Pattern of clinically relevant mutations in consecutive series of Russian colorectal cancer patients]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23943423) // Med Oncol -- **IF = 2.147**

- Berstein LM et al (2013) [Genetic polymorphisms potentially associated with response to metformin in postmenopausal diabetics suffering and not suffering with cancer](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24145224). // Cell Cycle -- **IF = 5.24**.

- Imyanitov EN (2013) [Ovarian cancer genome](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23913204).

// Methods Mol Biol -- ** IF = 1.29**

- Sokolenko AP et al (2012) [High prevalence and breast cancer predisposing role of the BLM c.1642 C>T (Q548X) mutation in Russia]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21815139) // Int J Cancer -- **IF=6.2**

средний импакт по выборке 3.71

**4) Институт биологии гена РАН (ИБГ РАН)** *(Георгиев П.Г., академик РАН, проф.)*

- Shepelev MV, Korobko IV (2013). [The RHOV gene is overexpressed in human non-small cell lung cancer]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24388711) // Cancer Genet -- **IF = 1.9**

- Vikhreva PN et al (2014). [mTOR-dependent transcriptional repression of Pdcd4 tumor suppressor in lung cancer cells.]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24334141) // Biochim Biophys Acta -- **IF = 4.4**

средний импакт по выборке 3.15

**5) Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН (ИМБ РАН)** *(Макаров А.А., академик РАН, проф.)*

- Senchenko VN et al (2013). [Novel tumor suppressor candidates on chromosome 3 revealed by NotI-microarrays in cervicalcancer.](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23478628) // Epigenetics -- **IF = 4.58**

- Dmitriev AA et al (2012). [Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with NotI-microarrays.]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22491060) // Epigenetics -- **IF = 4.58**

- Kashuba VI et al. (2009). [High mutability of the tumor suppressor genes RASSF1 and RBSP3 (CTDSPL) in cancer]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19478941) // PLoS One -- **IF = 3.73**

- Senchenko VN et al (2011). [Differential expression of CHL1 gene during development of major human cancers](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21408220) // PLoS One -- **IF = 3.73**

Средний импакт по выборке 4.16

Дополнительные материалы

1) Номер предложения 3700, дата создания 11.04.2014

2) [Сопроводительная документация]( https://drive.google.com/?authuser=0#folders/0B_JiVda9jTrJV1pGbWJCYzFWa2M)

Инициатор

Георгий Сергеевич Краснов

[[адрес эл. почты скрыт]]

Предложите свои аргументы в пользу или против этого проекта

  • Один аргумент должен содержать один обосновывающий довод. Например, если Вас не устраивает (а) формулировка темы проекта, и (б) Вы считаете, что указанные публикации не имеют отношения к теме проекта, то это два отдельных аргумента «против».
  • Аргумент НЕ должен содержать: вопросы; мнение об аргументе другого участника; одобрение/неодобрение тематики по иным критериям, кроме того, что результаты можно опубликовать в высокорейтинговом журнале. Аргументы желательно подтверждать ссылками на статьи.

Аргументы ЗА 0

На данный момент аргументов нет

Аргументы ПРОТИВ 0

На данный момент аргументов нет