Постановка задачи

Провести массированное чтение геномов и анализ протеомов опухолей предстательной железы и выявить набор геномных и соматических мутаций, эпигенетические изменения ДНК и спектр некодирующих РНК в качестве маркеров ранних стадий заболевания. Разработанный макет диагностической тест системы должен быть основан на определении совокупности молекулярно-генетических маркеров ассоциированных с развитием рака предстательной железы. В рамках реализации проекта должен быть создан банк образцов плазмы крови и мочи пациентов с верифицированными диагнозами аденома и рак простаты, а также группы контроля без патологии предстательной железы. **Бюджет**: Для получения бюджетного софинансирования индустриальный партнер должен вложить в реализацию проекта не менее 20,0 млн. руб. в виде средств нераспределенной прибыли и/или заемных денежных средств.

Ожидаемый эффект

Диагностическая тест-система раннего определения злокачественных новообразований предстательной железы для проведения исследовательских доклинических испытаний. Показатели чувствительности и специфичности созданной тест-системы должны превышать на 15-20% значения зарубежных образцов, основанных на анализе некодирующей РНК ([PSA-3](http://en.wikipedia.org/wiki/PCA3)). **Кто может софинансировать проект?** - [НПФ "Литех"](http://www.lytech.ru/), разрабатывает готовые наборы для генодиагностики, клинической микробиологии, диагностики социально-значимых заболеваний человека, основанных на методах масс-спектрометрии и ПЦР. - [Инвитро](http://www.invitro.ru/), выполняет широкий спектр общеклинических, биохимических, иммуноферментных и молекулярно-генетических лабораторных исследований. - [Ситилаб](http://www.citilab.ru/), проводит клинико-диагностическую лабораторную диагностику. - [Гемотест](http://www.gemotest.ru/), осуществляет медицинскую деятельность в области клинической лабораторной диагностики и оказывает амбулаторно-поликлиническую медицинскую помощь:

Публикации

• Rebecca A. Burrell et al. (2013) The causes and consequences of genetic heterogeneity in cancer evolution // Nature (IF 38.597)

• Alexandrov, L. B. et al. (2013), Signatures of mutational processes in human cancer, // Nature (IF 38.597)

• Sreekumar, A. et al. (2013) Metabolomic profiles delineate potential role for sarcosine in prostate cancer progression // Nature (IF 38.597)

• Yang, L. et al. (2013) lncRNA-dependent mechanisms of androgen-receptor-regulated gene activation programs // Nature (IF 38.597)

Средний импакт-фактор: 38.597

Кто может участвовать в конкурсе?

1) НИИ физико-химической медицины ФМБА России (геномика, протеомика, клеточная биология и биоинформатика, научный лидер – Говорун В.М., д.б.н., профессор, заведующий лабораторией протеомного анализа)

• Tyakht AV, Kostryukova ES, Popenko AS, Belenikin MS, Pavlenko AV, et al. (2013) Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia // Nature Communications (IF 10.0)

• Naumov, Vladimir A., et al. (2013) Genome-scale analysis of DNA methylation in colorectal cancer using Infinium HumanMethylation450 BeadChips // Epigenetics (IF 4.6)

• Ziganshin, R., Arapidi, G., Azarkin, I., Zaryadieva, E., Alexeev, D., Govorun, V., & Ivanov, V. (2011). New method for peptide desorption from abundant blood proteins for plasma/serum peptidome analyses by mass spectrometry. Journal of Proteomics, 74(5), 595–606. (IF = 4.088)

Средний импакт фактор: 6.23

2) Центр «Биоинженерия» РАН (задел в области геномики злокачественных образований, научный лидер – Прохорчук Е.Б., д.б.н., зав. лаб. геномики и эпигеномики позвоночных)

• Wu X., Prokhortchouk E., Zaridze D., Skryabin K.G. et al. (2012) A genome-wide association study identifies a novel susceptibility locus for renal cell carcinoma on 12p11.23 // Human Molecular Genetics (IF 7.69)

• Purdue M.P., Prokhortchouk E., Zaridze D., Matveev V., Skryabin K.G. et al. (2011) Genome-wide association study of renal cell carcinoma identifies two susceptibility loci on 2p21 and 11q13.3 // Nature Genetics (IF 35.21)

• McFarland, C.D., Korolev, K.S., Kryukov, G.V., Sunyaev, S.R., and Mirny, L.A. (2013) Impact of deleterious passenger mutations on cancer progression // Proceedings of the National Academy of Sciences *IF 9.7)

• Chekanov, N. N., et al. (2010) Individual Genome of the Russian Male: SNP Calling and a de novo Assembly of Unmapped Reads // Acta naturae (IF 0.477)

• Hudson T. J. et al. (2010) International network of cancer genome projects // Nature (IF 38.5)

• Skryabin K. G. et al. (2009) Combining two technologies for full genome sequencing of human //Acta naturae (IF 0.477)

Средний импакт фактор: 18.31

3) МГУ им. М.В.Ломоносова (геномика злокачественных заболеваний и исследования соматических мутаций ракового генома, научный лидер – Кондрашов А.C., к.б.н., профессор, зав. лаб. эволюционной геномики, средний импакт фактор: 17.0)

• Adzhubei Ivan A., et al. (2010) A method and server for predicting damaging missense mutations // Nature methods (IF 23.565)

• Flegontov P, Votýpka J, Skalický T, Logacheva MD, Penin AA, Tanifuji G, Onodera NT, Kondrashov AS, Volf P, Archibald JM, Lukeš J. (2012) Paratrypanosoma is a novel early-branching trypanosomatid // Current Biology (IF 10.445)

Средний импакт фактор по стране: 14.43

Дополнительные материалы

1) Проект Лота [версия от 13 марта 2014 г.](https://www.dropbox.com/s/7rawdwzdl7d8zcy/%D0%9F%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82%20%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0%20_%D0%A0%D0%9F%20%D1%81%20%D0%B8%D0%B7%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F%D0%BC%D0%B8%20%D0%BD%D0%B0%2011.03.14_Ilya%202.docx)

Инициатор

НИИ физико-химической медицины ФМБА России, зам.начальника научно-организационного отдела Клабуков Илья Дмитриевич [[адрес эл. почты скрыт]]

Ссылка

http://niifhm.ru/