НЖ1.3-02-04-01 Геномика и протеогеномика злокачественных новообразований

Постановка задачи

Исследование должно быть направлено на поиск и систематизацию совокупности молекулярно-генетических признаков, ассоциированных с характерными для России разновидностями карцином человека. Наиболее информативные признаки должны быть испытаны и валидированы в качестве новых диагностических, прогностических и предиктивных маркеров. В рамках исследовательской работы должно быть предусмотрено секвенирование экзомов и полных геномов парных образцов "опухоль/норма", а также возможно выполнение анализа опухоль-специфических изменений транскриптома, протеома и эпигенетических модификаций ДНК.

На один проект из средств федерального бюджета выделяется не менее 65 млн. руб. и не более 78 млн. руб. Не менее 20% от общей стоимости проекта должно обеспечиваться привлеченными денежными средствами индустриального партнера (от 16,25 млн. до 19,5 млн. руб.).

**Будет поддержано не менее 2 проектов.**

Ожидаемый эффект

Выполнение каждого проекта должно обеспечить не менее 7 публикаций в международных научных журналах с импакт-фактором 4 и выше. Должен быть создан прототип тест-системы для определения генотипа опухоли с целью индивидуального подбора терапии или прогнозирования течения онкологического заболевания.

**Потенциальные индустриальные партнеры:**

- фармкомпании, заинтересованные в отборе пациентов, восприимчивых к противоопухолевой терапии, например, [ООО Р-Фарм](http://r-pharm.com/ru/) - разработчики облачных систем хранения и обработки массивов данных, например, [EMC](http://russia.emc.com/)

Публикации

- Greenman C. et al. (2007) [Patterns of somatic mutation in human cancer genomes] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17344846) // Nature **IF 38.6** - Winter J. M., Yeo C. J., Brody J. R. (2013) [Diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in pancreatic cancer] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22729569) // Journal of Surgical Oncology **IF 2.6** - Rebecca A. Burrell et al. (2013) [The causes and consequences of genetic heterogeneity in cancer evolution] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24048066) // Nature **IF 38.6** - Alan Ashworth et al. (2013), [Genomics: Comparisons across cancers] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24132284) // Nature **IF 38.6** - J. Ferlay et al. (2013) [Cancer incidence and mortality patterns in Europe: estimates for 40 countries in 2012] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23485231) // European Journal of Cancer **IF 5.3** - Cybulski C. et al. (2006) [CHEK2 Is a Multiorgan Cancer Susceptibility Gene] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1182149/) // The American Journal of Human Genetics **IF 2.36** - Sokolenko A. P. et al. (2006) [High frequency of BRCA1 5382insC mutation in Russian breast cancer patients] //European Journal of Cancer **IF 5.3** - Garcia-Closas M. et al. (2008) [Heterogeneity of breast cancer associations with five susceptibility loci by clinical and pathological characteristics] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18437204) //PLoS genetics **IF 8.5** - Mavaddat N. et al. (2012) [Pathology of breast and ovarian cancers among BRCA1 and BRCA2 mutation carriers: results from the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 (CIMBA)] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22144499) //Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention **IF 4.56** - Sokolenko A. P. et al. (2012) [High prevalence and breast cancer predisposing role of the BLM c. 1642 C> T (Q548X) mutation in Russia] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21815139) // International Journal of Cancer **IF 6.19** - Eisenstein M. (2012) [Reading cancer's blueprint] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22781673) // Nature biotechnology **IF 32.4** - Renuse S., Chaerkady R., Pandey A. (2011) [Proteogenomics] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21246734) // Proteomics **IF 4.132** - Raymond A. Clarke, et al. (2009) [New Genomic Structure for Prostate Cancer Specific Gene PCA3 within BMCC1: Implications for Prostate Cancer Detection and Progression] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2655648/) // PLoS ONE **IF 3.73**

Кто может участвовать в конкурсе?

**1) НИИ физико-химической медицины ФМБА России** *(научный лидер – Говорун В.М., д.б.н., профессор, зав. лаб. протеомного анализа)*

- Tyakht AV, Kostryukova ES, Popenko AS, Belenikin MS, Pavlenko AV, et al. (2013) [Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3778515/) // Nature Communications **IF 10.0** - Naumov, Vladimir A., et al. (2013) [Genome-scale analysis of DNA methylation in colorectal cancer using Infinium HumanMethylation450 BeadChips] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23867710) // Epigenetics **IF 4.6** - Govorun, V. M., and V. T. Ivanov (2011) [Proteomics and peptidomics in fundamental and applied medical studies] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21721253) // Russian Journal of Bioorganic Chemistry **IF 0.5**

**2) Центр «Биоинженерия» РАН** *(научный лидер – Прохорчук Е.Б., д.б.н., зав. лаб. геномики и эпигеномики позвоночных)*

- Wu X., Prokhortchouk E., Zaridze D., Skryabin K.G. et al. (2012) [A genome-wide association study identifies a novel susceptibility locus for renal cell carcinoma on 12p11.23] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3276284/) // Human Molecular Genetics **IF 7.69** - Purdue M.P., Prokhortchouk E., Zaridze D., Matveev V., Skryabin K.G. et al. (2011) [Genome-wide association study of renal cell carcinoma identifies two susceptibility loci on 2p21 and 11q13.3] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3049257/) // Nature Genetics **IF 35.21** - McFarland, C.D., Korolev, K.S., Kryukov, G.V., Sunyaev, S.R., and Mirny, L.A. (2013) [Impact of deleterious passenger mutations on cancer progression] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3581883/) // Proceedings of the National Academy of Sciences **IF 9.7** - Chekanov, N. N., et al. (2010) [Individual Genome of the Russian Male: SNP Calling and a de novo Assembly of Unmapped Reads] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3347568/) // Acta naturae **IF 0.477** - Hudson T. J. et al. (2010) [International network of cancer genome projects] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2902243/) // Nature **IF 38.5** - Skryabin K. G. et al. (2009) [Combining two technologies for full genome sequencing of human] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3347526/) //Acta naturae **IF 0.477**

**3) МГУ им.М.В.Ломоносова** *(исследования соматических мутаций ракового генома, научный лидер – Кондрашов А.C., к.б.н., профессор, зав. лаб. эволюционной геномики)*

- Adzhubei Ivan A., et al. (2010) [A method and server for predicting damaging missense mutations] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2855889/)// Nature methods **IF 23.565** - Flegontov P, Votýpka J, Skalický T, Logacheva MD, Penin AA, Tanifuji G, Onodera NT, Kondrashov AS, Volf P, Archibald JM, Lukeš J. (2012) [Paratrypanosoma is a novel early-branching trypanosomatid] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24012313) // Current Biology **IF 10.445**

Дополнительные материалы

1) Номера предложений 981, 911

2) Проекты лота (ссылка)

Инициатор

Проблемная комиссия "Протеомика" Российской академии медицинских наук

Ссылка

Предложите свои аргументы в пользу или против этого проекта

  • Один аргумент должен содержать один обосновывающий довод. Например, если Вас не устраивает (а) формулировка темы проекта, и (б) Вы считаете, что указанные публикации не имеют отношения к теме проекта, то это два отдельных аргумента «против».
  • Аргумент НЕ должен содержать: вопросы; мнение об аргументе другого участника; одобрение/неодобрение тематики по иным критериям, кроме того, что результаты можно опубликовать в высокорейтинговом журнале. Аргументы желательно подтверждать ссылками на статьи.

Аргументы ЗА 0

На данный момент аргументов нет

Аргументы ПРОТИВ 0

На данный момент аргументов нет