Проект не принят, обсуждение закрыто.

НЖ1.3-08-06-01 Разработка инновационного способа геномного анализа метилирования ДНК бисульфитным секвенированием для проведения масштабных биомедицинских исследований

Постановка задачи

Разработать лабораторный протокол и программное обеспечение способа геномного бисульфитного секвенирования, позволяющий проводить исследования метилирования в больших выборках клинического материала, в том числе архивных операционных образцов.

Идея разработки заключается в (1) отборе на основе биоинформационного анализа рестриктазы, наиболее эффективно маркирующей CpG-островки генов, (2) формировании такого способа формирования геномных библиотек для анализа метилирования ДНК с использованием выбранной рестриктазы, который обеспечил бы возможность анализа деградированных архивных образцов ДНК, (3) создании программного обеспечения для планирования и анализа результатов исследований метиломов.

Ожидаемый эффект

обеспечение возможности анализа архивного клинического материала за счет целенаправленного адаптирования фрагментов библиотек ДНК; 

снижение на порядок требуемого для исследования количества ДНК (до 10-100 нг)

совместимость с экономичными и быстродействующими персональными геномными машинами; 

определение состояния метилирования не менее 100000 CpG-пар в образце ДНК анализируемого материала;

широкая масштабируемость технологии (анализ от сотен до 10000 CpG-островков).

**Индустриальные партнеры**

- [ООО "Компания Хеликон"](http://helicon.ru), г. Москва - лидер на рынке комплексного оснащения лабораторий в области молекулярной биологии, биотехнологии и лабораторной диагностики. Клиентами являются крупнейшие учебные и научно-исследовательские центры, биохимические, генетические и молекулярно-биологические лаборатории, больницы, клинические центры, биотехнологические производства.

Публикации

- Xu H, et al. (2013) [A Method to Detect Differentially Methylated Loci With Next-Generation Sequencing.](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23554163) // Genetic epidemiology – **IF 4,0**

- Masser DR, et al. (2013) [Focused, high accuracy 5-methylcytosine quantitation with base resolution by benchtop next-generation sequencing.](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24279302) // Epigenetics & Chromatin – **IF 4,2**

- Ivanov M, et al. (2013) [In-solution hybrid capture of bisulfite-converted DNA for targeted bisulfite sequencing of 174 ADME genes.](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23325842) // Nucleic acids research – **IF 8,3**

- Wang T, et al. (2013) [RRBS-Analyser: A Comprehensive Web Server for Reduced Representation Bisulfite Sequencing Data Analysis](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24106010) // Human mutation – **IF 5,2**

* средний уровень исследований за рубежом: IF 5,4*

Кто может участвовать в конкурсе?

**1) ГБОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М.Сеченова Минздрава России** *(Залетаев Д.В., д.б.н., проф., зав.лаб. молекулярной генетики человека, средний IF 1,5)*

- Tanas AS, et al. (2010) [Novel tools for unbiased DNA differential methylation screening](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22121877) // Epigenomics-- **IF 3,4**

- Залетаев Д.В. с соавт. (2013) [Структурно-функциональный анализ опухолевых геномов и разработка тест-систем для ранней диагностики, прогноза течения и оптимизации терапии злокачественных новообразований](http://elibrary.ru/item.asp?id=20340398) // Вестник РАМН – **IF 0,5**

- Strelnikov V, et al. (2010) [Non-microarray DNA differential methylation screening in breast cancer](http://www.journals.elsevierhealth.com/periodicals/cgc/article/S0165-4608(10)00390-0) // Cancer Genetics and Cytogenetics – **IF 1,6**

Smirnikhina SA, et al. (2013) [Mutagen influence with different mechanisms of action on DNA global methylation in human whole-blood lymphocytes in vitro]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24450157) // Russian Journal of Genetics -- **IF 0,43**

Руденко В.В. с соавт. (2013) [Способ формирования систем маркеров метилирования ДНК](http://www.freepatent.ru/patents/2472859) // патент на изобретение 247285918.05.2011.

**2) ФГУП Государственный НИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов** *(Носиков В.В., д.б.н., проф., зав.лаб. молекулярной диагностики и геномной дактилоскопии, (средний IF 2,5)*

- DmitrievAA, et al. (2012) [Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with NotI-microarrays](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22491060) // Epigenetics-- **IF 4,6**

- KashubaV. et al. (2012) [NotI Microarrays: Novel Epigenetic Markers for Early Detection and Prognosis of High Grade Serous Ovarian Cancer]( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23202957) // Int J Mol Sci -- **IF 2,5**

Beresneva EV, et al. (2013) [Methylation profile of group of miRNA genes in clear cell renal cell carcinoma and their involvement in cancer progression](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 23755536) // Russian Journal of Genetics -- **IF 0,43**

Дополнительные материалы

Системный номер: 2013-10-15-13716.

Инициатор

Стрельников Владимир Викторович

[[адрес эл. почты скрыт]]

Ссылка