Проект принят, обсуждение закрыто.

НЖ1.2-09-05-01 Проведение прикладных научных исследований в области биоинформационных технологий (для субъектов малого предпринимательства)

Постановка задачи

На молекулярном уровне любое патологическое состояние развивается из-за нарушения механизмов функционирования белков и кодирующих их генов. Существующие лекарственные средства направлены не более чем на 500 известных на сегодняшний день фармакологических мишеней (белков или генов), что составляет всего лишь 3% от всего генома человека. При этом многие патологические состояния возникают в результате сбоя в работе не одного, а нескольких генов. Однако большие объемы информации, содержащейся в результатах геномных исследований, доступны только в виде биологических текстов, обработка которых возможна только с использованием современных биоинформатических методов.

В рамках предлагаемого лота планируется провести разработку, усовершенствование и взаимную адаптацию отдельных компьютерных методов и создать на их основе прототип Веб-сервиса, обеспечивающего анализа и хранение генов и их взаимодействий, вовлеченных в развитие патологических состояний.

Ожидаемый эффект

Создание прототипа Веб-сервиса, обеспечивающего мета-анализ свойств биомакромолекул и/или их взаимодействий, вовлеченных в развитие патологических состояний.

Публикации

Уровень зарубежных публикаций по теме Проекта лота*:

- Kola I (2008) [The state of innovation in drug development](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Clinical Pharmacology and Therapeutics -- **IF 9.0**

- Hopkins A.L. (2008) [Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Nature Chemical Biology -- **IF 9.0**

- Geerts T. (2011) [In SilicoPredictions of ADME-Tox Properties: Drug Absorption](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening -- **IF 9.0**

- Gleeson M.P. et al. (2011) [Probing the links between in vitro potency, ADMET and physicochemical parameters](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Nature Reviews Drug Discovery -- **IF 9.0**

- Mohan C.G. (2011) [Impact of Computational Structure-Based Predictive Toxicology in Drug Discovery](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening -- **IF 9.0**

- Huggins D.J. et al. (2012) [Rational Approaches to Improving Selectivity in Drug Design](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Journal of Medicinal Chemistry -- **IF 9.0**

- Wang X. et al. (2012) [A Systems Biology Approach to Uncovering Pharmacological Synergy in HerbalMedicines with Applications to Cardiovascular Disease](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine -- **IF 9.0**

- Bresso I. et al. (2013) [Integrative relational machine-learning for understanding drug side effect profiles](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20843477) // BMC Bioinformatics -- **IF 9.0**

* средний уровень исследований за рубежом: IF 5.86

Публикациипотенциальныхучастниковконкурса**:

1) Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН (средний IF 3.351)

- Le Novère N/, Hucka M/, Mi H/, Moodie S/, Schreiber F/, Sorokin A/, Demir E/, Wegner K/, Aladjem M.I., Wimalaratne S.M., Bergman F.T., Gauges R., Ghazal P., Kawaji H., Li L., Matsuoka Y., Villéger A., Boyd S.E., Calzone L., Courtot M., Dogrusoz U., Freeman T.C., Funahashi A., Ghosh S., Jouraku A., Kim S., Kolpakov F.*, Luna A., Sahle S., Schmidt E., Watterson S., Wu G., Goryanin I., Kell D.B., Sander C., Sauro H., Snoep J.L., Kohn K., Kitano H. (2009) [DIGEP-Pred: web service for in silico prediction of drug-induced gene expression profiles based on structural formula](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19668183) // Nature Biotechnology -- **IF 9.0**

- Киселев И.Н. и др. (2012) [Модульное моделирование сердечно-сосудистой системы человека] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23740741) // Математическая биология и биоинформатика -- **IF 9.0**

- Kutumova E. et al. (2012) [Modular model of the apoptosis machinery](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22161332) // Advances in Experimental Medicine and Biology -- **IF 9.0**

- Kutumova E. et al. (2013) [Model composition through model reduction: a combined model of CD95 and NF-κB signaling pathways](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23409788) // BMC Systems Biology -- **IF 9.0**

2) Волгоградский государственный медицинский университет МЗ РФ (средний IF 3.351)

- Спасов А.А. и др. (2009) [Средство, обладающее каппа-опиоидной агонистической активностью](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22161332) // Патент на изобретение RUS 2413512 29.07.2009.

- Васильев П.М. (2009) [Информационная технология прогноза фармакологической активности химических соединений](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23409788) // Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук. Волгоград:Волгоградский государственный медицинский университет.

- Спасов А.А. и др. (2011) [Направленный поиск веществ с каппа-опиоидной агонистической активностью среди производных гетероциклических систем](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23409788) // Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии -- **IF 9.0**

- Черников М.В. и др. (2013) [Анализ функционально значимых структурных фрагментов веществ с 5-нт2- и 5-нт3-антагонистической активностью](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23740741) // Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии -- **IF 9.0**

3) Химический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова (средний IF 3.351)

- Sushko I., Novotarskyi S., Körner R., Pandey A.K., Rupp M., Teetz W., Brandmaier S., Abdelaziz A., Prokopenko V.V., Tanchuk V.Y., Todeschini R., Varnek A., Marcou G., Ertl P., Potemkin V.*, Grishina M.*, Gasteiger J., Schwab C., Baskin I.I.*, Palyulin V.A.*, Radchenko E.V.*, Welsh W.J., Kholodovych V., Chekmarev D., Cherkasov A., Aires-de-Sousa J., Zhang Q.Y., Bender A., Nigsch F., Patiny L., Williams A., Tkachenko V., Tetko I.V. (2011) [Online chemical modeling environment (OCHEM): web platform for data storage, model development and publishing of chemical information](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21660515) // Journal of Computer-Aided Molecular Design -- **IF 9.0**

- Osolodkin D.I. et al. (2011) [Structure-based virtual screening of glycogen synthase kinase 3β inhibitors: analysis of scoring functions applied to large true actives and decoy sets](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23123251) // Chemical-Biological Drug Design -- **IF 9.0**

- Karpov P.V. et al. (2011) [One-class classification as a novel method of ligand-based virtual screening: the case of glycogen synthase kinase 3β inhibitors](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21983440) // Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters -- **IF 9.0**

- Makhaeva G.F. et al. (2013) [Organophosphorus compound esterase profiles as

predictors of therapeutic and toxic effects](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23123251) // Chemical-Biological Interactions -- **IF 9.0**

** средний уровень исследований в стране: IF 4.6

Кто может участвовать в конкурсе?

Разработка и практическое применение отдельных методов компьютерного конструирования лекарств осуществляются в последние годы рядом российских коллективов: НИВЦ МГУ, МФТИ, ИоГен РАН, Волгоградский ГМУ, ИФАВ РАН, НПК «Вист», ООО «Криптом», ООО «Димонта», НПК «Медиана Фильтр», ООО «Молекулярные технологии», Quantum Pharmaceuticals. Некоторые успешно коммерциализовали продукцию за рубежом.

Дополнительные материалы

.

Инициатор

.

Ссылка

.