НЖ1.2-05-03-05 Амплифицируемые аффинные реагенты на основе ДНК с модифицированными основаниями.
Постановка задачи
Ожидаемый эффект
Публикации
Obeid S., Bußkamp H., Welte W., Diederichs K., Marx A. (2013) Snapshot of a DNA polymerase while incorporating two consecutive C5-modified nucleotides // J Am Chem Soc -- IF 10.677
Bergen K., Steck A. L., Strütt S., Baccaro A., Welte W., Diederichs K., Marx A. (2012) Structures of KlenTaq DNA polymerase caught while incorporating C5-modified pyrimidine and C7-modified 7-deazapurine nucleoside triphosphates // J Am Chem Soc -- IF 10.677
Knapp D.C., D’Onofrio J., Engels J.W. (2010) Fluorescent labeling of (oligo)nucleotides by a new fluoride cleavable linker capable of versatile attachment modes // Bioconjugate Chem -- IF 4.580
Vaught J.D., Bock C., Carter J., Fitzwater T., Otis M., Schneider D., Rolando J., Waugh S., Wilcox S.K., Eaton B.E. (2010) Expanding the chemistry of DNA for in vitro selection // J Am Chem Soc -- IF 10.677
Robertson M.P., Miller S. L. (1995) Prebiotic synthesis of 5-substituted uracils: a bridge between the RNA world and the DNA-protein world // Science -- IF 31.027
средний уровень исследований за рубежом: IF—13.528
Кто может участвовать в конкурсе?
1) Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (средний IF: 1,994) (группа Д.В. Пышного: исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными.)
Dmitriyenko E.V., Bulushev R.D., Haupt K., Kosolobov S.S., Latyshev A.V., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. (2013) A simple approach to prepare molecularly imprinted polymers from nylon-6 // Mol Recognit -- IF 3.006
Kupryushkin M.S., Konevetz D.A., Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.S., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V. (2013) Oligonucleotide functionalization by a novel alkyne-modified nonnucleosidic reagent obtained by versatile building block chemistry Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids -- IF 0.713
Skobeltsyna L.M., Pyshnyi D.V., Ivanova E.M., Stepanov V.A., Puzyrev V.P., Dymshits G.M., Kharkov V.N., Zarytova V.F. (2010) Short oligonucleotide tandem ligation assay for genotyping of single-nucleotide polymorphisms in Y chromosome // Mol Biotechnol -- IF 2.262
2) Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН (средний IF: 5,440) (группа А.В. Чудинова: технология биологических микрочипов, синтез флуоресцентных красителей и флуоресцентно-меченых нуклеотидов, флуоресцентное маркирование нуклеиновых кислот.)
Kolganova N.A., Shchyolkina A.K., Chudinov A.V., Zasedatelev A.S., Florentiev V.L., Timofeev E.N. (2012) Targeting duplwx DNA with chimeric αβ-triplex-forming oligonucleotides // Nucleic Acids Research -- IF 8.026
Shershov V.E., Spicyn M.A., Kuznetsova V.E., Timofeev E.N., Ivashkina O.A., Abramov I.S., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2013) Near-infrared heptamethine cyanine dyes. Synthesis, spectroscopic characterization, thermal properties and photostability // Dyes and Pigments -- IF 3.434
Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V., Nasedkina T., Rubina A., Savvateeva E., Fesenko E., Chudinov A., Zimenkov D., Kolchinsky A., Zasedatelev A. (2011) Gel-based microarrays in clinical diagnostics in Russia // Expert Rev Mol Diagn -- IF 4.859
3) Институт биоорганичекской химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (средний IF: 4,328) (группа В.А. Коршуна: разработка методов синтеза и изучение свойств конъюгатов природных и модифицированных нуклеиновых кислот с органическими флуоресцентными красителями, полициклическими ароматическими соединениями, неорганическими люминесцентными нанокристаллами и кластерами.)
Ryazantsev D.Y., Tsybulsky D.A., Prokhorenko I.A., Kvach M.V., Martynenko Y.V., Philipchenko P.M., Shmanai V.V., Korshun V.A., Zavriev S.K. (2012) Two-dye and one- or two-quencher DNA probes for real-time PCR assay: synthesis and comparison with a TaqMan™ probe // Anal Bioanal Chem -- IF 3.841
Tsybulsky D.A., Kvach M.V., Stepanova I.A., Korshun V.A., Shmanai V.V. (2012) 4',5'-Dichloro-2',7'-dimethoxy-5(6)-carboxyfluorescein (JOE): synthesis and spectral properties of oligonucleotide conjugates // J Org Chem -- IF 4.564
Astakhova I.V., Ustinov A.V., Korshun V.A., Wengel J. (2011) LNA for optimization of fluorescent oligonucleotide probes: improved spectral properties and target binding // Bioconjug Chem -- IF 4.580
4) НИИ Физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ им. М.В. Ломоносова (средний IF: 4,175) (группа Т.С. Орецкой: синтез природных и модифицированных нуклеозидов и нуклеотидов, исследования в области строения и функционирования комплексов нуклеиновых кислот с белками)
Belousova E.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Zatsepin T.S., Oretskaya T.S., Lavrik O.I. (2013) Clustered DNA lesions containing 5-formyluracil and AP site: repair via the BER system // PLoS One -- IF 3.730
Grigorov B., Bocquin A., Gabus C., Avilov S., Mely Y., Agopian A., Divita G., Gottikh M., Witvrouw M., Darlix J.L. (2011) Identification of a methylated oligoribonucleotide as a potent inhibitor of HIV-1 reverse transcription complex // Nucleic Acids Research -- IF 8.026
Khomyakova E.A., Zubin E.M., Smirnov I.P., Pozmogova G.E., Stetsenko D.A., Oretskaya T.S. (2011) DNA or RNA oligonucleotide 2'-hydrazides for chemoselective click-type ligation with carbonyl compounds // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids -- IF 0.768
средний уровень исследований в стране: IF 3.984
Дополнительные материалы
Инициатор
Ссылка
Предложите свои аргументы в пользу или против этого проекта
- Один аргумент должен содержать один обосновывающий довод. Например, если Вас не устраивает (а) формулировка темы проекта, и (б) Вы считаете, что указанные публикации не имеют отношения к теме проекта, то это два отдельных аргумента «против».
- Аргумент НЕ должен содержать: вопросы; мнение об аргументе другого участника; одобрение/неодобрение тематики по иным критериям, кроме того, что результаты можно опубликовать в высокорейтинговом журнале. Аргументы желательно подтверждать ссылками на статьи.