Постановка задачи

Исследования должны быть направлены на разработку методов получения фрагментов ДНК, несущих функционально-значимые молекулярные конструкции на гетероциклических нуклеотидах. Фрагменты ДНК должны амлифицироваться методом полимеразной цепной реакции и взаимодействовать с молекулярными мишенями нуклеиновой и/или белковой природы. В качестве молекулярных конструкций могут выступать низкомолекулярные органические соединения (в том числе флуоресцентные). На один проект из средств федерального бюджета выделяется 15 млн. руб. Не менее 10% от общей стоимости проекта должно обеспечиваться собственными или привлеченными денежными средствами (от 1,5 млн. руб.). Срок выполнения проекта не более 36 мес. **Будет поддержано не менее 4 проектов.**

Ожидаемый эффект

Выполнение каждого проекта должно обеспечить не менее 3 публикаций в международных научных журналах с импакт-фактором выше 2-3. Должны быть синтезированы аффинные реагенты ("флурестиды" или "сомамеры"), обеспечивающие регистрацию межмолекулярных взаимодействий.

Публикации

• Obeid S., Bußkamp H., Welte W., Diederichs K., Marx A. (2013) Snapshot of a DNA polymerase while incorporating two consecutive C5-modified nucleotides // J Am Chem Soc -- IF 10.677

• Bergen K., Steck A. L., Strütt S., Baccaro A., Welte W., Diederichs K., Marx A. (2012) Structures of KlenTaq DNA polymerase caught while incorporating C5-modified pyrimidine and C7-modified 7-deazapurine nucleoside triphosphates // J Am Chem Soc -- IF 10.677

• Knapp D.C., D’Onofrio J., Engels J.W. (2010) Fluorescent labeling of (oligo)nucleotides by a new fluoride cleavable linker capable of versatile attachment modes // Bioconjugate Chem -- IF 4.580

• Vaught J.D., Bock C., Carter J., Fitzwater T., Otis M., Schneider D., Rolando J., Waugh S., Wilcox S.K., Eaton B.E. (2010) Expanding the chemistry of DNA for in vitro selection // J Am Chem Soc -- IF 10.677

• Robertson M.P., Miller S. L. (1995) Prebiotic synthesis of 5-substituted uracils: a bridge between the RNA world and the DNA-protein world // Science -- IF 31.027

средний уровень исследований за рубежом: IF—13.528

Кто может участвовать в конкурсе?

1) Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (средний IF: 1,994) (группа Д.В. Пышного: исследование фундаментальных аспектов ДНК-диагностики и действия ген-направленных биологически активных веществ: гибридизация нуклеиновых кислот с олигонуклеотидами, их аналогами и производными.)

• Dmitriyenko E.V., Bulushev R.D., Haupt K., Kosolobov S.S., Latyshev A.V., Pyshnaya I.A., Pyshnyi D.V. (2013) A simple approach to prepare molecularly imprinted polymers from nylon-6 // Mol Recognit -- IF 3.006

• Kupryushkin M.S., Konevetz D.A., Vasilyeva S.V., Kuznetsova A.S., Stetsenko D.A., Pyshnyi D.V. (2013) Oligonucleotide functionalization by a novel alkyne-modified nonnucleosidic reagent obtained by versatile building block chemistry Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids -- IF 0.713

• Skobeltsyna L.M., Pyshnyi D.V., Ivanova E.M., Stepanov V.A., Puzyrev V.P., Dymshits G.M., Kharkov V.N., Zarytova V.F. (2010) Short oligonucleotide tandem ligation assay for genotyping of single-nucleotide polymorphisms in Y chromosome // Mol Biotechnol -- IF 2.262

2) Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН (средний IF: 5,440) (группа А.В. Чудинова: технология биологических микрочипов, синтез флуоресцентных красителей и флуоресцентно-меченых нуклеотидов, флуоресцентное маркирование нуклеиновых кислот.)

• Kolganova N.A., Shchyolkina A.K., Chudinov A.V., Zasedatelev A.S., Florentiev V.L., Timofeev E.N. (2012) Targeting duplwx DNA with chimeric αβ-triplex-forming oligonucleotides // Nucleic Acids Research -- IF 8.026

• Shershov V.E., Spicyn M.A., Kuznetsova V.E., Timofeev E.N., Ivashkina O.A., Abramov I.S., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. (2013) Near-infrared heptamethine cyanine dyes. Synthesis, spectroscopic characterization, thermal properties and photostability // Dyes and Pigments -- IF 3.434

• Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V., Nasedkina T., Rubina A., Savvateeva E., Fesenko E., Chudinov A., Zimenkov D., Kolchinsky A., Zasedatelev A. (2011) Gel-based microarrays in clinical diagnostics in Russia // Expert Rev Mol Diagn -- IF 4.859

3) Институт биоорганичекской химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (средний IF: 4,328) (группа В.А. Коршуна: разработка методов синтеза и изучение свойств конъюгатов природных и модифицированных нуклеиновых кислот с органическими флуоресцентными красителями, полициклическими ароматическими соединениями, неорганическими люминесцентными нанокристаллами и кластерами.)

• Ryazantsev D.Y., Tsybulsky D.A., Prokhorenko I.A., Kvach M.V., Martynenko Y.V., Philipchenko P.M., Shmanai V.V., Korshun V.A., Zavriev S.K. (2012) Two-dye and one- or two-quencher DNA probes for real-time PCR assay: synthesis and comparison with a TaqMan™ probe // Anal Bioanal Chem -- IF 3.841

• Tsybulsky D.A., Kvach M.V., Stepanova I.A., Korshun V.A., Shmanai V.V. (2012) 4',5'-Dichloro-2',7'-dimethoxy-5(6)-carboxyfluorescein (JOE): synthesis and spectral properties of oligonucleotide conjugates // J Org Chem -- IF 4.564

• Astakhova I.V., Ustinov A.V., Korshun V.A., Wengel J. (2011) LNA for optimization of fluorescent oligonucleotide probes: improved spectral properties and target binding // Bioconjug Chem -- IF 4.580

4) НИИ Физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ им. М.В. Ломоносова (средний IF: 4,175) (группа Т.С. Орецкой: синтез природных и модифицированных нуклеозидов и нуклеотидов, исследования в области строения и функционирования комплексов нуклеиновых кислот с белками)

• Belousova E.A., Vasil'eva I.A., Moor N.A., Zatsepin T.S., Oretskaya T.S., Lavrik O.I. (2013) Clustered DNA lesions containing 5-formyluracil and AP site: repair via the BER system // PLoS One -- IF 3.730

• Grigorov B., Bocquin A., Gabus C., Avilov S., Mely Y., Agopian A., Divita G., Gottikh M., Witvrouw M., Darlix J.L. (2011) Identification of a methylated oligoribonucleotide as a potent inhibitor of HIV-1 reverse transcription complex // Nucleic Acids Research -- IF 8.026

• Khomyakova E.A., Zubin E.M., Smirnov I.P., Pozmogova G.E., Stetsenko D.A., Oretskaya T.S. (2011) DNA or RNA oligonucleotide 2'-hydrazides for chemoselective click-type ligation with carbonyl compounds // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids -- IF 0.768

средний уровень исследований в стране: IF 3.984

Дополнительные материалы

1) Проект Лота "05-03-06": [версия 2](https://drive.google.com/?tab=mo&authuser=0#folders/0B4qr4YB9sAfud3E0YlRVRmF1ejA) 2) Номер предложения(й): [№: 2652](https://sstp.ru/fx/fcntp/ru.naumen.fcntp.components.jsp.published_jsp?uuid=corebofs000080000k6uvqp80b1lj190)

Инициатор

Чудинов А.В. [[адрес эл. почты скрыт]]

Ссылка

-