Постановка задачи

Исследования должны быть направлены на функциональный анализ белковых семейств, отдельные члены которых участвуют в патогенезе заболеваний человека и животных. Для определения новых участников патогенетических процессов должно быть проведено сравнение структуры белков внутри семейства, уровней их экспрессии и данных по взаимодействию белков. Для ранее не описанных членов семейства должны быть охарактеризованы клеточные функции этих белков, например, путем нокдауна и искусственной гипер-экспрессии исследуемых генов в модельных клеточных линиях. На один проект из средств федерального бюджета выделяется не менее 10 млн. руб. и не более 12 млн. руб. Не менее 10% от общей стоимости проекта должно обеспечиваться собственными или привлеченными денежными средствами (от 1,1 млн. до 1,55 млн руб.). **Будет поддержано не менее 4 проектов.**

Ожидаемый эффект

Выполнение каждого проекта должно обеспечить не менее 3 публикаций в международных научных журналах с импакт-фактором выше 3. Должна быть получена экспериментально подтвержденная библиотека генов – участников патогенетического процесса. Должны быть получены эукариотические линии стабильно экспрессирующие исследуемые белки-участники патогенетических процессов и ингибиторы транскрипции генов кодирующих целевые белки.

Публикации

• Smolock EM, Korshunov VA, Glazko G, Qiu X, Gerloff J, Berk BC. (2012) Ribosomal protein L17, RpL17, is an inhibitor of vascular smooth muscle growth and carotid intima formation. // Circulation. 2012 Nov 13;126(20):2418-27. -- IF = 15.202

  • Skoblov M, Marakhonov A, Marakasova E, Guskova A, Chandhoke V, Birerdinc A, Baranova A. (2013) Protein partners of KCTD proteins provide insights about their functional roles in cell differentiation and vertebrate development. // Bioessays. 2013 Jul;35(7):586-96. -- IF= 5.4.
  • Hsu CL, Yang UC. (2012) Discovering pathway cross-talks based on functional relations between pathways // BMC Genomics. 2012;13 Suppl 7:S25. PMCID: PMC3521217. -- IF = 4.40.
  • Huang Y, Li S (2010) Detection of characteristic sub pathway network for angiogenesis based on the comprehensive pathway network // BMC Bioinformatics. 2010, 11(Suppl 1):S32. -- IF = 3.02.
  • Liu ZP, Wang Y, Zhang XS, Chen L. (2010) Identifying dysfunctional crosstalk of pathways in various regions of Alzheimer's disease brains. // BMC Syst Biol. 2010, 4(Suppl 2):S11 -- IF = 2.98.
  • Azuaje F, Devaux Y, Wagner DR. (2010) Coordinated modular functionality and prognostic potential of a heart failure biomarker-driven interaction network. // BMC Syst Biol. 2010 May 12;4:60. doi: 10.1186/1752-0509-4-60. PubMed PMID: 20462429. -- IF = 2.98.

средний уровень исследований за рубежом: IF 5.66

Кто может участвовать в конкурсе?

1) ФГБУ «Медико-генетический научный центр» РАМН (средний IF – 4.37) (группа М.Ю.Скоблова)

• Skoblov M, Marakhonov A, Marakasova E, Guskova A, Chandhoke V, Birerdinc A, Baranova A. (2013) Protein partners of KCTD proteins provide insights about their functional roles in cell differentiation and vertebrate development. // Bioessays. 2013 Jul;35(7):586-96. -- IF= 5.4.

• Mayburd A, Baranova A. (2013) Knowledge-based compact disease models identify new molecular players contributing to early-stage Alzheimer's disease. // BMC Syst Biol. 2013 Nov 7;7(1):121. -- IF = 2.98.

• Page S, Birerdinc A, Estep M, Stepanova M, Afendy A, Petricoin E, Younossi Z, Chandhoke V, Baranova A. (2013) Knowledge-based identification of soluble biomarkers: hepatic fibrosis in NAFLD as an example // PLoS One 2013;8(2):e56009. -- IF = 3.730.

• Baranova A. (2012) The more the merrier: the pannexin family just got a new branch.. // Bioessays. 2012 Jul;34(7):530-1. -- IF = 5.4.

2) Институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН (средний IF – 4.406) (группа А.В. Лисицы)

• Poverennaya EV, Bogolubova NA, Bylko NN, Ponomarenko EA, Lisitsa AV, Archakov AI. (2013) Gene-centric content management systemх // Biochim Biophys Acta. 2013 Aug 27. -- IF = 3.848.

• Ponomarenko E, Poverennaya E, Pyatnitskiy M, Lisitsa A, Moshkovskii S, Ilgisonis E, Chernobrovkin A, Archakov A. (2012) Comparative ranking of human chromosomes based on post-genomic data. // OMICS. 2012 Nov;16(11):604-11. -- IF = 2.730.

• Berman AE, Leontieva OV, Natarajan V, McCubrey JA, Demidenko ZN, Nikiforov MA. (2012) Recent progress in genetics of aging, senescence and longevity: focusing on cancer-related genes. // Oncotarget. 2012 Dec;3(12):1522-32. -- IF = 6.64.

3) Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (средний IF – 7.26 ) (группа В.И.Целина)

• Polyansky AA, Chugunov AO, Volynsky PE, Krylov NA, Nolde DE, Efremov RG. (2013) PREDDIMER: a web server for prediction of transmembrane helical dimers. // Bioinformatics. 2013 Nov 30 -- IF = 5.323.

• Kozlov S, Grishin E. The mining of toxin-like polypeptides from EST database by single residue distribution analysis. // BMC Genomics. 2011 Jan 31;12:88. -- IF = 4.40.

• Lyukmanova EN, Shulepko MA, Buldakova SL, Kasheverov IE, Shenkarev ZO, Reshetnikov RV, Filkin SY, Kudryavtsev DS, Ojomoko LO, Kryukova EV, Dolgikh DA, Kirpichnikov MP, Bregestovski PD, Tsetlin VI. (2013) Water-soluble LYNX1 residues important for interaction with muscle-type and/or neuronal nicotinic receptors. // J Biol Chem. 2013 May 31;288(22):15888-99 -- IF = 4.65.

• Deyev IE, Sohet F, Vassilenko KP, Serova OV, Popova NV, Zozulya SA, Burova EB, Houillier P, Rzhevsky DI, Berchatova AA, Murashev AN, Chugunov AO, Efremov RG, Nikol'sky NN, Bertelli E, Eladari D, Petrenko AG. (2011) Insulin receptor-related receptor as an extracellular alkali sensor. // Cell Metab. 2011 Jun 8;13(6):679-89. -- IF = 14.619.

4) Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта РАН (средний IF – 5.879) (группа Д.С.Карпова)

• Karpov DS, Spasskaya DS, Tutyaeva VV, Mironov AS, Karpov VL. (2013) Proteasome inhibition enhances resistance to DNA damage via upregulation of Rpn4-dependent DNA repair genes. // FEBS Lett. 2013 Sep 17;587(18):3108-14. -- IF = 3.582.

• Tchurikov NA, Kretova OV, Fedoseeva DM, Sosin DV, Grachev SA, Serebraykova MV, Romanenko SA, Vorobieva NV, Kravatsky YV. (2013) DNA double-strand breaks coupled with PARP1 and HNRNPA2B1 binding sites flank coordinately expressed domains in human chromosomes. // PLoS Genet. 2013 Apr;9(4):e1003429. -- IF = 8.517.

• Mitkevich VA, Kretova OV, Petrushanko IY, Burnysheva KM, Sosin DV, Simonenko OV, Ilinskaya ON, Tchurikov NA, Makarov AA. (2013) Ribonuclease binase apoptotic signature in leukemic Kasumi-1 cells // Biochimie. 2013 Jun;95(6):1344-9. -- IF = 3.142.

• Kulakovskiy IV, Medvedeva YA, Schaefer U, Kasianov AS, Vorontsov IE, Bajic VB, Makeev VJ. (2013) HOCOMOCO: a comprehensive collection of human transcription factor binding sites models. // Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D195-202. -- IF = 8.278.

5) Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН (средний IF – 3.959) (группа Т.Никольской)

• Nikolskaya T, Nikolsky Y, Serebryiskaya T, Zvereva S, Sviridov E, Dezso Z, Rahkmatulin E, Brennan RJ, Yankovsky N, Bhattacharya SK, Agapova O, Hernandez MR, Shestopalov VI. (2009) Network analysis of human glaucomatous optic nerve head astrocytes. // BMC Med Genomics. 2009 May 9;2:24. -- IF = 3.47.

• Makeev VJ. (2013) Predictive biology using systems and integrative analysis and methods. // J Biomol Struct Dyn. 2013;31(1):1-3. -- IF = 4.98.

• Piruzian E, Bruskin S, Ishkin A, Abdeev R, Moshkovskii S, Melnik S, Nikolsky Y, Nikolskaya T. (2010) Integrated network analysis of transcriptomic and proteomic data in psoriasis. // BMC Syst Biol. 2010 Apr 8;4:41. -- IF = 2.98.

• Bessarabova M, Kirillov E, Shi W, Bugrim A, Nikolsky Y, Nikolskaya T. (2010) Bimodal gene expression patterns in breast cancer. // BMC Genomics. -- IF = 4.40.

6) Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН (средний IF – 4.71) (группа М.С.Гельфанда)

• Kurmangaliyev YZ, Sutormin RA, Naumenko SA, Bazykin GA, Gelfand MS. (2013) Functional implications of splicing polymorphisms in the human genome. // Hum Mol Genet. 2013 Sep 1;22(17):3449-59. -- IF = 7.692.

• Kurmangaliyev YZ, Goland A, Gelfand MS. (2013) Evolutionary patterns of phosphorylated serines. Biol Direct. 2011 Feb 9;6:8. -- IF = 2.72.

• Bykova NA, Favorov AV, Mironov AA. (2013) Hidden Markov models for evolution and comparative genomics analysis. // PLoS One. 2013 Jun 7;8(6):e65012. -- IF = 3.730.

Дополнительные материалы

1) Проект Лота "03-03-07": [версия 2](https://drive.google.com/?tab=mo&authuser=0#folders/0B4qr4YB9sAfuWER2WElmUks2T0k) 2) Номер предложения(й): [№: 1819](https://sstp.ru/fx/fcntp/ru.naumen.fcntp.components.jsp.published_jsp?uuid=corebofs000080000k5n3ea30v057e8c)

Инициатор

Скоблов Михаил [[адрес эл. почты скрыт]]

Ссылка

--